其實，政府和企業(yè)在采用RFID技術(shù)時也存在一些不足和隱憂。目前，鐵道部車的自動識別系統(tǒng)是封閉，如果它是開放的，這將非常有利于推動物流業(yè)的信息化，促進物流更加便捷通順，讓物流與信息有效整合起來。
由于工作在低頻和受張貼物的材質(zhì)的限制，在遇到一些磨損、水封或者磁化等干擾問題時，識別效果很容易受到影響，甚至當批量的產(chǎn)品同時經(jīng)過API識別裝置時，也很有可能出現(xiàn)丟讀、錯讀的情況。廣州、上海、四川雖然給生豬及豬肉刻上了電子標簽，但對于市民來講，價格和電子標簽閱讀的方面都存在一定問題。
香港機場管理局也由于成本過高和讀取率較低，導(dǎo)致RFID計劃并未獲得航空公司的普遍支持，測試成功尚需時日，正式運營更是遙遙無期。香港機場管理局對RFID技術(shù)有著巨大的業(yè)務(wù)需求：隨著香港國際機場的客運量不斷增加，正在使用中的行李輸送系統(tǒng)，其負荷量已接近飽和。要確保機場最終處理能力每年達到8700萬人次(即每天24萬人次)的目標，有必要采取RFID技術(shù)代替。香港機場管理局RFID計劃原打算在2005年初推出。但由于未得到航空公司的普遍支持而“擱淺”。香港機場管理局認為，造成這一結(jié)果的原因一方面在于現(xiàn)階段使用的卷標成本太貴，香港機場管理局現(xiàn)時在處理行李運送的條形碼卷標，每個售價僅為15至25美分，但使用RFID的成本較前者高數(shù)倍以上，所以很難說服航空公司合作采用RFID技術(shù)。另一方面在于香港機場管理局正在測試中的系統(tǒng)，卷標成功讀取率只有85%，效果并不理想。這在一定程度上阻礙了航空公司與之合作的積極性，香港機場管理局相關(guān)負責人表示，只有讀取率達到百分之九十七以上方能為航空公司接受。
這些問題是RFID在推廣過程中不得不面對的問題，連世界上最大的零售商美國沃爾瑪集團也并沒有很好的調(diào)和這種矛盾，最終導(dǎo)致RFID應(yīng)用計劃放緩，而國內(nèi)的零售大腕物美集團對RFID技術(shù)也是喊得多做得少，沒有真正應(yīng)用起來。
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