你會購買一本98%以上文字都是胡言亂語的書籍嗎?生物學(xué)與圖書行業(yè)沒有太多關(guān)系,但卻編寫了一本非常吸引人的指導(dǎo)手冊—;—;DNA!
我們的基因手冊包含了構(gòu)成身體、并為其提供能量的蛋白質(zhì)指令,但人體只有不足2%的DNA能編碼蛋白質(zhì),剩余98%的DNA序列被稱為“垃圾DNA”。
科學(xué)家們長期以來一直認為它們無用,這些非蛋白質(zhì)編碼的DNA延伸看起來就像一本書稿中的胡言亂語—;—;毫無用處,也許被人們遺忘。
但是近期最新研究表明,我們基因組的“垃圾”部分可能仍然發(fā)揮著重要作用。
沒有意義的“單詞”
自然生物擁有一種獨特的“書寫方式”,我們的基因腳本僅使用4個字母:A, G, C和T,這些字母的長組合構(gòu)成了我們的基因,并決定了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。
但是蛋白質(zhì)制造過程并不像閱讀烹飪食譜那樣簡單,在將蛋白質(zhì)組合在一起之前,DNA被轉(zhuǎn)錄成RNA,并被切割和重新組裝成更小的片段。
在切割過程中,非編碼“垃圾DNA”被廢棄,意味著它們永遠不會參與制造蛋白質(zhì)。
為什么自然生物的“指導(dǎo)手冊”攜帶這么多看似不必要的物質(zhì)?這是研究人員仍在思考的一個問題,最合乎邏輯的解釋是,“垃圾DNA”或許并非一無是處。
無用DNA的功能
本世紀初,“人類基因組計劃”讓人們首次全面了解了人類基因腳本,但該計劃完成近10年后,一個由400多名科學(xué)家組成的團隊發(fā)布了他們所謂的“DNA元素百科全書(ENCODE)”。
該項國際合作探索了基因組中每個基因的功能,這項大規(guī)模研究的結(jié)果要求對垃圾DNA進行重新評估,雖然只有不足2%的基因組能制造蛋白質(zhì),但是大約80%的基因組能執(zhí)行某種功能。
DNA元素百科全書對功能的定義相當(dāng)寬廣,任何“生物化學(xué)活性”都是公平的游戲—;—;能被轉(zhuǎn)錄成RNA,即使稍后的過程中RNA被切斷,也能被鑒定為具有功能的序列。
但是許多“垃圾DNA”確實具有重要作用,包括調(diào)控DNA如何轉(zhuǎn)錄,并從那里轉(zhuǎn)變成蛋白質(zhì)。
如果蛋白質(zhì)編碼是交響樂音符,那么一些非編碼序列就像音樂指揮家一樣,影響著樂曲的節(jié)奏。
但并非所有垃圾DNA都具有功能,2008年發(fā)表在《細胞分子生物學(xué)雜志》的一項研究表明,科學(xué)家清除了酵母基因組中的垃圾DNA,對于特定基因,他們?nèi)コ嘶騼?nèi)含子—;—;DNA轉(zhuǎn)錄后被切斷的部分。
在實驗室條件下,基因內(nèi)含子的去除對細胞沒有顯著影響,支持了它們沒有任何功能的觀點。
然而,今年發(fā)表在《自然》雜志上的研究報告提出了相反觀點,當(dāng)食物缺乏時,研究人員發(fā)現(xiàn)這些序列對酵母的存活至關(guān)重要,這些研究認為,基因內(nèi)含子的有用性可能取決于其所處的環(huán)境,這與所謂的“垃圾”相差甚遠。
有用的垃圾
過去10年里,其他研究進展表明,垃圾DNA可能僅是被誤解的遺傳物質(zhì),科學(xué)家現(xiàn)在已將各種非編碼序列與各種生物過程(甚至人類疾?。┞?lián)系起來。
例如:研究人員認為,這些序列是子宮和對生拇指發(fā)育的重要因素。
2018年,發(fā)表在《腫瘤學(xué)年鑒》上的一項研究表明,非編碼DNA片段就像基因表達的音量旋鈕,最終影響乳腺癌和前列腺癌的形成。
2019年發(fā)表在《自然遺傳學(xué)雜志》的一項研究表明,基因編碼區(qū)域以外的突變可以導(dǎo)致自閉癥。
探索非編碼序列是當(dāng)前研究熱點之一,越來越多的證據(jù)表明,這些非編碼序列可能有助于癌癥戰(zhàn)勝治療,目前專家這將是癌癥診斷最有希望的反向工具。
盡管“垃圾DNA”有很多功能,但是一些研究人員仍然認為,大部分遺傳編碼是無用的,美國休斯頓大學(xué)進化生物學(xué)家丹·格羅爾(Dan Graur)認為,至少有75%的蛋白質(zhì)沒有功能。
為了獲得該數(shù)據(jù),格羅爾使用數(shù)字模型來確定DNA有用程度,他考慮了有害基因突變(有害的基因變化或者雙螺旋結(jié)構(gòu)斷裂),隨著時間的推移,以及生育率不斷提高,我們也獲得了更多的基因組,因此這些突變可能是致命的。
格羅爾在2017年發(fā)表在《基因組生物學(xué)與進化》的一篇論文中評估稱,我們的基因密碼中最多不超過四分之一具有功能性,如果超過四分之一,我們將以不可持續(xù)的速度積累致命突變。